思路是比较简单的,就是找到一个蛋白质主链中的C,C
\(_{\alpha}\),N,O这几种原子,然后计算对应共价键的二面角即可。计算相关内容可以参考我之前写过的这两篇文章:
AlphaFold2中的残基刚体表示
和
使用numpy计算分子内坐标。这里我们就简单的做一个Python的脚本,可以用来读取pdb文件,生成对应的拉氏图,用来判断对应的蛋白质构象是否合理,也可以用来比较两个同类蛋白之间的构型差异。
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